Hlavný oltár
Hlavný oltár – Oltár sv. Mikuláša bol zhotovený v roku 1814. Konštrukcia je pomerne jednoduchá, má jednoduché ozdoby s horizontálnymi líniami. Umiestnené sú tu aj barokové sochy adorujúcich anjelov, ktoré kedysi boli na oltári Sedembolestnej Panny Márie v kaplnke sv. Michala. Na obrazoch v plastických rámoch sú reliéfy biskupského znaku.
Oltár Nepoškvrneného počatia Panny Márie
Oltár dali zhotoviť trnavskí kňazi pod vedením miestneho farára, kanonika Juraja Schnella v roku 1854. Vertikálne rámovaný oltár má čierny podklad, na ktorom sú zlaté ornamenty. Uprostred je maľba s nápisom: „SINE LABE CONCEPTA MARIA INTER CEDE PRO NOBIS“ (v preklade: „Bez poškvrny počatá Mária prihováraj sa za nás“). Na ráme je dookola nápis: „SINE LABE ORIGINALI CONCEPTA DIVA VIRGO MARIA PIE VOVENTIBVS VOTA VOVE JESV“ (v preklade: „Bez prvotnej poškvrny počatá svätá Panna Mária, predkladaj Ježišovi prosby zbožne prosiacich“).
Oltár Všetkých svätých
Tento najstarší a najväčší oltár dali postaviť ostrihomskí kanonici Matej a Marek Šenkvickí v roku 1640. Trojetážový oltár členený vertikálne i horizontálne má ústrednú maľbu Všetkých svätých. Na predele je ťažko čitateľný text: „OMNIA AD MAIOREM DEI GLORIAM ALTARE HOC IN PERPETUA MISSAE FUNDATIONE MATHIAS ET MARCUS SENQVIZII CURARUNT TESTAMENTO SUPERARE ANNO 1640“ (v preklade: „Všetko pre väčšiu Božiu slávu. Tento oltár dali postaviť Matej a Marek Šenkvickí ako večnú fundáciu pre slávenie svätých omší, v rámci poslednej vôle roku 1640“).
Oltár sv. Kríža
Oltár je novodobý, pravdepodobne z rokov 1908 – 1910. Výška oltára je 535 cm. Na mramorovom oltári je v strede stupienok, na ktorom je socha sv. Márie Magdalény pod krížom a nad ňou Ukrižovaný Ježiš. Po jeho stranách sú sochy Panny Márie a sv. Jána evanjelistu apoštola.
Oltár sv. Jána Nepomuckého
Oltár dal zhotoviť kanonik Gašpar Helmuth v roku 1804. Je vysoký 565 cm. Maľba na ňom je dielom Andreja Zallingera z roku 1798. Na tejto oltárnej maľbe je sv. Ján Nepomucký v oblakoch nesený anjelmi. Svätec má v ľavej ruke kríž a pravá ruka je pozdvihnutá k nebesiam. Okolo hlavy má päť hviezd. Vpravo dole je mŕtve telo svätca, nájdené v rieke. Rám je ozdobený perlovými pásmi s prstencami.
Oltár sv. Jozefa pestúna Pána
Oltárnu maľbu dal zhotoviť farár, kanonik Ľudovít Ján Schwartzer v roku 1788. Bola uložená v sakristii chrámu až do roku 1945. V tomto roku bol zhotovený dnešný oltár, na ktorý bola daná reštaurovaná maľba sv. Jozefa. Oltár je vysoký 498 cm. Pod touto maľbou je na oltárnom stole menšia maľba sv. Alojza z Gonzagy.
Oltár sv. Terézie Avilskej
Maľbu neznámeho autora z roku 1788, ktorá bola dlho v sklade, dal zhotoviť farár, kanonik Ľudovít Ján Schwartzer. Samotný oltár dal zhotoviť v roku 1945 spolu s oltárom sv. Jozefa kanonik, dekan - farár Dr. Ambróz Lazík. Je vysoký 498 cm. Na oltárnej maľbe je sv. Terézia stojaca pod krížom. Na oltárnom stole je malá maľba sv. Františka Xaverského.
Na prednej doske oltárneho stola sú reliéfy Zvestovania Pána, Narodenia a Navštívenia. Oltár je vysoký 600 cm. V strede oltára je maľba Panny Márie Trnavskej z konca 17.storočia. Kaplnka, v ktorej sa nachádza oltár, bola posvätená 9.septembra 1741. V hornej časti rámu je napísaný text v preklade: „PRAVÝ OBRAZ PREBLAHOSLAVENEJ PANNY MÁRIE V KATEDRÁLNOM CHRÁME TRNAVSKOM V UHORSKU, SLZIACI A POTIACI SA DŇA 5.JÚLA, 10. A 11. AUGUSTA ROKU 1708. ROK 1737.“
Oltár sv. Alžbety Uhorskej, Durínskej
Oltár má mramorový oltárny stôl. Drevený nadstavec má na stranách vyrezávané a pozlátené ozdoby. Olejomaľba v pozlátenom ráme je zo staršieho oltára, pričom na tento oltár sa dostala v roku 1850. Sv. Alžbeta na maľbe dáva almužnu žobrákovi. Oltár má výšku 215 cm.
Oltár sv. Michala archanjela
Oltár dal zhotoviť v roku 1826 farár a kanonik Martin Miškolci. Oltár je vysoký 510 cm. Maľba sv. Michala na ňom pochádza zo zrúcaného kostola sv. Michala, ktorý sa nachádzal juhovýchodne od dnešnej baziliky. Autorom maľby je Gašpar Schneider, ktorý ju namaľoval v roku 1808. Na štíte sv. Michala archanjela je napísané: „QUI ET DEUS“ (v preklade: „Kto ako Boh“).
Oltár Sedembolestnej Panny Márie
Na oltári je socha Piety. Kedysi bolo na oltári 6 svietnikov z tepaného striebra. Na hlave Ježiška a Panny Márie sú pozlátené korunky. Z oboch strán oltára boli na podstavcoch sochy adorujúcich anjelov z konca 17. storočia, ktoré boli premiestnené na hlavný oltár a sú tam až doteraz.
Oltár sv. Jána Krstiteľa
Na maľbe je sv. Ján Krstiteľ, ktorý krstí Pána Ježiša v Jordáne a nad nimi sa vznáša Duch Svätý. Maľbu namaľoval neznámy autor. Oltár dal zhotoviť nitriansky biskup Jozef Kluch v roku 1808. Výška oltára je 565 cm.
Oltár Božieho Tela
Na veľkej maľbe je zobrazená posledná večera. Pán Ježiš dáva živý Chlieb apoštolovi Petrovi a v pravom rohu je zhrbený Judáš. Maľbu zhotovil Ondrej Zallinger v roku 1798. Dnešný oltár dal kostolu kanonik Žigmund Keglevich v roku 1805. Oltár je vysoký 610 cm.
Oltár sv. Doroty
Stĺpový oltár z konca 18. storočia, upravený a čiastočne zmenený okolo roku 1800. Povrch oltára tvorí červený pozlátený mramor. Na maľbe je sv. Dorota so svätožiarou a iná postava. Maľbu namaľoval Jozef Zanussi v roku 1794. Sochy na oltári postavené na podložiach sú zo staršieho oltára sv. Agnesy a sv. Barbory. Na ľavom stĺpe je signatúra staviteľa oltára A. G. Oltár je vysoký 600 cm.
Oltár Božského Srdca Ježišovho
Jednoduchý oltár so sochou Božského Srdca. Pozadie tvorí veľké gotické okno s kružbami. Oltár bol dotvorený po rôznych úpravách priestoru kaplnky v roku 1923, z daru Alojza Zelligera opáta a farára z Trnavy.
Oltár Panny Márie
Členený oltár, uprostred ktorého je maľba Panny Márie s Ježišom na rukách. Po stranách sú okrem stĺpov sochy sv. Kataríny (vľavo) a sv. Margity Uhorskej (vpravo). Stĺpy nesú kladie v strede s nápisom: „MAGNA CHARITAS XTIANA SISIT PRO DE FVNCTIS PÉTER FFIIS ORATIO VIVIS“ (v preklade: „Postavila veľká kresťanská láska pre zosnulých z rodiny Peterffiovcov, modlitba od živých.“). Oltár dal zhotoviť kanonik František Peterffi v roku 1735. Oltár je vysoký 450 cm.